Zasady postępowania na terenie formy przyrody jaka jest rezerwat przyrody, w przypadku powstania zagrożenia dla życia czy też mienia ludzi zostały uregulowane w art. 15  ust.2 pkt. 3 ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (Dz. U. z 2024 r., poz. 1478). Przepis ten wprowadza generalne odstępstwo od zakazów wymienionych w art. 15 ust.1 ww. ustawy, w przypadku prowadzenia działań związanymi  z bezpieczeństwem powszechnym. Do takich działań należy m.in. wyznaczenie i obalenie martwych drzew będących zagrożeniem dla użytkowników dróg przecinających Rezerwat. Każdorazowo przed usunięciem drzewa, została wykona ocena, czy korona i pień drzewa przeznaczonego do ścinki są w stanie zagrozić użytkownikom dróg w obrębie pasa drogowego.

O zamiarze przeprowadzonych prac został poinformowany Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Warszawie.

W związku z faktem, iż rezerwat Czarnia nie ma dedykowanego dla swojej ochrony dokumentu planistycznego, w którym zawarte byłby informacje o ewentualnej możliwości wywiezienia, chociażby części drewna pozyskanego w ramach cięć dla bezpieczeństwa powszechnego poza obszar rezerwatu, każde ścięte drzewo pozostawia się na jego terenie do naturalnego rozkładu.

Pogłębiająca się susza, coraz niższy poziom wody gruntowej mocno osłabia drzewostany świerkowe, które atakowane są przez szkodniki owadzie takie jak kornik drukarz. Masowo występujący w Rezerwacie kornik drukarz, przy braku ochrony czynnej doprowadza do śmierci kolejne drzewa.