Zasięgiem terytorialnym obejmuje cztery gminy: Myszyniec, Czarnia, Łyse i Kadzidło.
Położenie geograficzne zawiera się miedzy 21°04'0" a 21°41'0" długości geograficznej wschodniej oraz 53°09'0" a 53°29'0" szerokości geograficznej północnej. Różnica wysokości teren nadleśnictwa sięga 42 m, od 106 m n.p.m. w okolicach Kadzidła do 148 m n.p.m. koło Lipnik.

Rejonizacja przyrodniczo-leśna usytuowała obszar Nadleśnictwa w IV Krainie Mazowiecko   Podlaskiej, Dzielnicy Równiny Kurpiowskiej, zaś niewielki fragment obrębu Myszyniec znajduje się w II Krainie Mazursko-Podlaskiej, Dzielnicy Równiny Mazurskiej.

Według regionalizacji fizyczno-geograficznej Kondrackiego tereny Nadleśnictwa Myszyniec położone są w następujących jednostkach obszar fizyczno-geograficzny: Europa Zachodnia (1), podobszar: Pozaalpejska Europa Zachodnia (3), prowincja: Niż Środkowoeuropejski (31), podprowincja: Niziny Środkowopolskie (318), makroregion: Nizina Północnomazowiecka, mezoregion: Równina Kurpiowska.

Podział geobotaniczny Szafera lokalizuje teren Nadleśnictwa Myszyniec w: obszarze: Eurosyberyjskim, w prowincji Środkowoeuropejskiej, dziale: Północnym (B), w krainie: Mazursko-Kurpiowskiej (21).

Pod względem hipsometrycznym teren Nadleśnictwa jest słabo urozmaicony. Dominuje płaska równina sandrowa będąca południową częścią sandru mazurskiego. Zbudowana jest z piasków, które w nielicznych miejscach tworzą wydmy, dochodzące do 20 m wysokości.

Gleby piaszczyste Nadleśnictwa Myszyniec warunkują występowanie głównego gatunku lasotwórczego - sosny pospolitej.

Natomiast wzdłuż biegu dopływów Narwi: Orzyca, Omulwi, Rozogi, Szkwy, Pisy ciągną się podmokłe tarasy zalewowe zajęte w większości przez łąki. Spod pokrywy piasków wystają miejscami kępy, zbudowane z glin morenowych i żwirów zlodowacenia warcińskiego, na przedłużeniu moren przasnyskich i mławskich.